A Coleção de Instrumentos Científicos Históricos inclui mais de 1500 objetos que estão completos e, na sua maioria, ainda preservam excelente funcionamento. É composta por equipamentos históricos antigos, muitos do início do século passado e, até mesmo, do final do século de 1800.

Toda esta coleção foi mantida e preservada pelo curador do EMCCF, o prof. Cezar Antonio Elias, que ao longo de mais de 50 anos de atividade no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF), teve sempre a preocupação com a preservação da memória e da História da Ciência brasileira. Por este pensamento, prof. Elias foi guardando em seu laboratório, os equipamentos que não eram mais usados ou se tornavam obsoletos para a pesquisa científica desenvolvida na época.